I Puppy Linux är det förinställda kommandoradsskalet BusyBox-skalet, även känt som ash. Detta är ett lätt och mångsidigt skal som ger standard Linux-kommandoradsfunktioner. Andra vanligt använda skal i Puppy Linux inkluderar Bash-skalet (Bourne-Again SHell) och Zsh (Z Shell). Användare kan enkelt växla mellan olika skal genom att ändra miljövariabeln SHELL eller genom att anropa önskat skal direkt från terminalen.
