Det finns några sätt att öppna en PDB-fil.
Använd en textredigerare.
PDB-filer är vanliga textfiler, så du kan öppna dem med vilken textredigerare som helst, som Anteckningar eller WordPad. Du kommer dock inte att kunna se 3D-strukturen för molekylen i en textredigerare.
Använd en PDB-visare.
Det finns många olika PDB-visningsprogram tillgängliga, både gratis och kommersiella. Några populära alternativ inkluderar:
- PyMOL: En gratis PDB-visare med öppen källkod med ett brett utbud av funktioner.
- VMD: En gratis PDB-visare med öppen källkod som är särskilt väl lämpad för att visualisera stora molekyler.
- Chimera: En kommersiell PDB-visare som är känd för sitt användarvänliga gränssnitt och omfattande funktionsuppsättning.
För att öppna en PDB-fil i en PDB-visning, välj helt enkelt menyalternativet Arkiv> Öppna och bläddra till PDB-filen du vill öppna. PDB-visaren laddar sedan filen och visar 3D-strukturen för molekylen.
Använd en webbläsare.
Det finns också ett antal webbläsare som kan visa PDB-filer. Några populära alternativ inkluderar:
- RCSB Protein Data Bank: Den officiella webbplatsen för Protein Data Bank, som är värd för en stor samling PDB-filer.
- Mol* Viewer: En gratis och öppen källkod webbaserad PDB-visare som låter dig se 3D-strukturen av molekyler i din webbläsare.
- JSmol: En gratis Java-baserad PDB-visare med öppen källkod som låter dig se 3D-strukturen av molekyler i din webbläsare.
För att öppna en PDB-fil i en webbläsare, kopiera och klistra helt enkelt in PDB-ID:t i sökfältet i webbläsaren. Webbläsaren kommer sedan att ladda PDB-filen och visa 3D-strukturen för molekylen.
