Det finns tre typer av FAT-filsystem:
- FAT12: FAT12 står för File Allocation Table med 12 bitar, var den första typen av FAT-filsystem och används fortfarande på mycket små lagringsmedier med låg kapacitet som disketter. Den använder 12 bitar per FAT-post, vilket begränsar det maximala antalet kluster och filer som stöds på en FAT12-volym. FAT12 stöder en maximal partitionsstorlek på 16 MB.
- FAT16: FAT16 eller File Allocation Table med 16 bitar, är ett mer avancerat FAT-filsystem som använder 16 bitar per FAT-post, vilket möjliggör större partitionsstorlekar och fler filer/kluster som stöds jämfört med FAT12. FAT16 blev mycket populärt på 1980- och 1990-talen och användes ofta på hårddiskar, eftersom det erbjöd bättre prestanda och mer lagringsutrymme än FAT12. FAT16 stöder en maximal partitionsstorlek på 2 GB.
- FAT32: FAT32 eller filallokeringstabell med 32 bitar, är en betydande uppgradering jämfört med FAT16 och utvecklades för att ta itu med begränsningarna hos sina föregångare. FAT32 använder 32 bitar per FAT-post, vilket dramatiskt ökar det maximala antalet filer/kluster som stöds och tillåter större partitionsstorlekar. FAT32 används fortfarande idag på USB-minnen, minneskort och äldre operativsystem. Den stöder en maximal partitionsstorlek på 2 TB, även om vissa implementeringar kan ha en mindre gräns.