CONFIG.SYS och AUTOEXEC.BAT är två filer som användes i början av MS-DOS och Windows. CONFIG.SYS användes för att konfigurera systemet, medan AUTOEXEC.BAT användes för att köra alla program som behövdes vid uppstart.
CONFIG.SYS var en textfil som fanns i rotkatalogen på startenheten. Den innehöll kommandon som användes för att konfigurera systemet, såsom minneshanteraren, diskcachen och nätverkskortet.
AUTOEXEC.BAT var också en textfil som fanns i startenhetens rotkatalog. Den innehöll kommandon som användes för att köra program som behövdes vid start, såsom kommandotolken, filhanteraren och antivirusprogramvaran.
CONFIG.SYS och AUTOEXEC.BAT användes inte längre från och med Windows ME. Istället lagrades systemkonfigurationen i registret och program som behövdes vid start lades till i mappen Startup.