Här är de allmänna stegen för hur du skapar en PDB-fil på din dator:
Steg 1:Skaffa en PDB-fil eller PDB-koordinater
- PDB-filer är allmänt tillgängliga från olika källor, såsom Protein Data Bank (PDB) webbplats eller forskningsdatabaser som RCSB Protein Data Bank eller OCA-Yale.
– Om du har koordinaterna för din proteinstruktur kan du konvertera dem till ett PDB-filformat. Flera mjukvarupaket och onlineverktyg kan utföra denna konvertering.
Steg 2:Installera en programvara för molekylär visualisering
- För att öppna, visa och redigera PDB-filer behöver du programvara för molekylär visualisering som PyMOL, UCSF Chimera, VMD (Visual Molecular Dynamics) eller Swiss PDB Viewer. Dessa program är fritt tillgängliga och kan laddas ner från deras respektive webbplatser.
Steg 3:Öppna PDB-filen
- När du har installerat programvaran för molekylär visualisering öppnar du PDB-filen som du fick eller skapade. Till exempel, i PyMOL, gå till "Arkiv"> "Öppna" och välj PDB-filen.
Steg 4:Visualisera och analysera proteinstrukturen
- Mjukvaran för molekylär visualisering kommer att visa proteinets 3D-struktur. Du kan rotera, zooma och manipulera strukturen för att se den från olika vinklar.
– Dessa verktyg ger också alternativ för att analysera strukturen, som att mäta avstånd, vinklar och andra molekylära egenskaper.
Steg 5:Spara PDB-filen (valfritt)
- Om du har gjort några ändringar i proteinstrukturen eller lagt till ytterligare information kan du spara den ändrade strukturen som en ny PDB-fil. I PyMOL, gå till "Arkiv"> "Spara PDB" och välj ett namn och en plats för den nya PDB-filen.
Steg 6:Ytterligare ändringar (valfritt)
- Beroende på dina specifika krav kan du göra ytterligare ändringar av PDB-filen. Detta kan innefatta att lägga till ligander eller lösningsmedelsmolekyler, ändra atomnamn eller ändra formateringen.
- Om du behöver göra omfattande modifieringar eller komplexa strukturella manipulationer, kanske du vill använda specialiserade molekylära modelleringsprogram som Modeller eller CHARMM.
Steg 7:Validera PDB-filen
- När du väl har skapat eller ändrat PDB-filen är det en god praxis att validera den för att säkerställa dess riktighet. Flera onlineverktyg och program kan utföra PDB-validering och identifiera potentiella fel eller inkonsekvenser.
Kom ihåg att skapa och redigera PDB-filer kräver en grundläggande förståelse för molekylstruktur och filformat. Om du inte är bekant med dessa begrepp, rekommenderas det att rådgöra med experter eller använda användarvänliga gränssnitt som tillhandahålls av programvaran för molekylär visualisering.
