De vanligaste filformaten som används i iTunes är:
- AAC (avancerad ljudkodning) :Detta är ett ljudkomprimeringsformat med förlust som ger bra kvalitet vid relativt små filstorlekar. iTunes använder AAC för de flesta av sina musikfiler, inklusive de som köpts från iTunes Store.
- MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3) :Ett annat förlustformat ljudkomprimeringsformat, MP3 är ett av de mest använda formaten i världen. Det stöds av nästan alla enheter som spelar upp ljudfiler. iTunes använder också MP3 för vissa musikfiler, inklusive de som är rippade från CD-skivor.
- WAV (Waveform Audio Format) :Ett förlustfritt ljudfilformat som bevarar originalljuddata. WAV-filer är stora i storlek men erbjuder ljud av högsta kvalitet. iTunes kan spela WAV-filer, men de stöds inte av alla enheter.
- AIFF (Audio Interchange File Format) :Ett annat förlustfritt ljudfilformat, AIFF liknar WAV men används oftare på Apple-enheter. iTunes stöder AIFF-filer, och de är ett bra alternativ för högkvalitativ ljuduppspelning på Mac- och iOS-enheter.
Utöver dessa ljudformat kan iTunes även spela upp och hantera videofiler i följande format:
- MP4 (MPEG-4) :Ett containerformat som kan innehålla video, ljud och undertexter. MP4 stöds av nästan alla enheter som spelar upp videofiler.
- MOV (QuickTime Movie) :Apples egenutvecklade videofilformat. MOV-filer kan spelas upp på Mac- och iOS-enheter, och de stöds också av viss programvara från tredje part.
- M4V (MPEG-4-video) :En variant av MP4-formatet som används för videofiler köpta från iTunes Store. M4V-filer är skyddade av DRM (Digital Rights Management) och kan endast spelas på auktoriserade enheter.
Dessutom kan iTunes hantera podcaster i följande format:
- MP3
- AAC
- M4B (MPEG-4 ljudbok) :Ett behållarformat som kan innehålla ljudböcker, såväl som metadata som kapitelmarkörer och omslagsbilder. M4B-filer är skyddade av DRM och kan endast spelas på auktoriserade enheter.
- PDF (Portable Document Format) :Ett filformat som används för dokument som kan visas och skrivas ut på en mängd olika enheter. iTunes kan hantera PDF-filer som innehåller podcasts, som de som skapats av BBC och NPR.