Pro Tools använder primärt Audio Interchange File Format (AIFF) för ljudfiler. AIFF är ett förlustfritt format, vilket innebär att det inte komprimerar ljuddata, vilket resulterar i högkvalitativt ljud. Det används ofta i professionell ljudproduktion, inklusive Pro Tools, på grund av dess tillförlitlighet, kompatibilitet och förmåga att behålla den ursprungliga ljudkvaliteten.
Pro Tools stöder även andra filformat, såsom WAV (Waveform Audio File Format), BWF (Broadcast WAV File Format), CAF (Core Audio Format), SDII (Sound Designer II), MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3), och AAC (Advanced Audio Coding). Dessa format varierar vad gäller komprimering, kvalitet och kompatibilitet med olika ljudprogram och enheter.
Beroende på de specifika projektkraven, såsom överväganden om kompatibilitet, kvalitet och filstorlek, kan användare välja lämpligt filformat när de exporterar eller importerar ljudfiler i Pro Tools.
