Det finns inte en enda uppfinnare av spionprogram. Snarare tror man att spionprogram uppstod i slutet av 1990-talet när datorentusiaster började skapa programvara för att spionera på sina vänner och familjemedlemmar. Dessa tidiga spionprogram var vanligtvis enkla tangenttryckningsloggrar eller skärmfångstverktyg, men de blev snabbt mer sofistikerade. I början av 2000-talet blev spionprogram en kommersiell produkt, och det användes snart av företag för att spåra anställdas aktiviteter och av kriminella för att stjäla personlig information.
