FASTA filformatet är ett textbaserat format som används för att representera nukleotid och peptid sekvenser med singel - bokstavskoder . Formatet ursprung med FASTA programpaket som utvecklats vid University of Virginia . FASTA format har utvecklats till en standard inom området bioinformatik . Det är möjligt att ladda ner FASTA programvara och skapa och jämföra sekvenser på din egen Mac- dator . Saker du behöver
FASTA körbara program för Mac OS X Review Terminal program
Visa fler instruktioner
1
Ladda ner en körbar för FASTA byggt för Mac OS X ( se Resurs 1 ) . Professor WR Pearson vid universitetet i Virginia har en sajt med källkod och binära körbara filer för ett antal plattformar . Som av Februari 2012 , är den senaste binär version av FASTA för Mac OS X FASTA - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
2
Öppna ett Finder-fönster och navigera med vänstra sidofältet till din hämta mappen . Dubbelklicka på FASTA körbar binär fil som du hämtade . Detta kommer att packa och hämta dessa förpackningen för att skapa en sub - mapp som heter " FASTA - 35.4.11 " i din nedladdning mapp . Addera 3
Öppna ett terminalfönster och navigera till mappen Hämtade filer från kommandoraden . Kommandot i Terminal kommer att vara "cd Downloads " om du använder standardinställningarna för systemet . Från Downloads mappen , typ "cd FASTA - 35.4.11 " för att ange FASTA mappen .
4
Skriv kommandot " bin/fasta35 - q seq/mgstm1.aa punkter /prot_test . lseg " i Terminal-fönstret . Detta kommer att köra en sekvens testa fråga mot en test-bibliotek . Om det här kommandot körs på rätt sätt , kommer du att se en sammanfattning av cykeltider och rester sekvens .
5
Gör en FASTA fil med en textredigerare , t.ex. Textredigerare ansökan eller vi kommandot från terminalen . En FASTA- fil är en enkel textfil . Den första raden i filen måste innehålla ett " > "-tecken åtföljt av en sekvens identifierare . Din FASTA filen ska innehålla en DNA- sekvens på de återstående linjerna .
